卵殻の洗浄・殺菌に使用する殺菌水の臭いが残っていた可能性があります。
卵をパック詰めする工程では、法律に基づき卵殻の洗浄・殺菌を行ったうえで乾燥し、包装しています。殺菌に使われるものの一つに次亜塩素酸ナトリウムがあり、これは水道水の塩素（カルキ）と同じ系統の成分です。

揮発性があるため、通常は時間とともに臭いは弱まりますが、冬場など気温が低い時期や梅雨など湿度が高い時期は乾燥しにくく、卵やパック内に臭いが残って開封時に消毒臭を強く感じることがあります。

殺菌水は安全な濃度で管理しており、安全性に問題はありません。卵をパックから出してしばらく置くと臭いは徐々に薄まり、中身にまで影響することはありませんので、ご安心ください。